La Universidad Santa Paula cuenta con acreditaciones de importantes instituciones, como las del Sistema Nacional de Acreditación de la Educación Superior en Costa Rica (SINAES), la cual es el Órgano Oficial en realizar las evaluaciones que miden la calidad de plan de estudios y formación académica de cada una de las carreras universitarias disponibles en nuestro país. Carreras como Terapia Física, cuentan con acreditaciones desde 2014 y una reacreditación extendida hasta el 2025, en su titulación como Licenciatura y Bachillerato. Por su parte, carreras como Terapia Respiratoria y Terapia Ocupacional, en ambas titulaciones, cuentan con esta acreditación desde 2017 y 2019, respectivamente por su información de calidad académica, promover la investigación en los estudiantes que enorgullecen, no solo la labor de la Escuela, sino la de todos los departamentos de la U, por presentar un producto de altísima calidad, tal cual como el SINAES demanda.

Por otro lado, cuenta con certificaciones en programas de extensión universitarias de nivel nacional e internacional como las que otorga el American Heart Association (AHA) y la National Association of Emergency Medical Technicians (NAEMT), lo que la convierte en una universidad con las mejores ofertas y programas académicos de Costa Rica, Centroamérica y el Caribe.